独有章先生不肯去（指蔡元培等人得到风声后已逃跑了，而他不逃跑），并且教邹容也不可去，说道：“革命没有不流血的。我被清政府查拿，现在已经第七次了。”
工部局于是年闰五月初六，出票拘人，西捕至爱国学社，进客室，问谁是章炳麟？先生正在客室，自指鼻端答道：“章炳麒就是我。”欣然跟了同去，真有“我不入地狱，谁入地狱”的节概。
邹容从后门逃出。先生从狱中作书，动以大义，使他自行投到，翌日，邹容果然自首了。
章、邹师徒在公堂上继续宣传革命，蔑视帝国主义和清政府的政治迫害。章太炎在狱中答《新闻报》记者时说：“余愿代表四万万人民志在流血。”他曾绝食七天以示抗议。因《苏报》设在租界内，捕人及关押都得在租界内。所以，清政府拿他们没办法，因此，当局向工部局和各国领事多方联系，要求“引渡”章、邹出来，企图押解到南京杀害，但遭到社会舆论的广泛抨击。1904年5月21日，章、邹分别判处监禁三年和二年。在这一年，陶成章、蔡元培等组建《光复会》，蔡任会长，与狱中的章联系，并委他为副会长。