甲午战争时，孙中山组织了兴中会，酝酿起义。1897年，章太炎任职《时务报》，在报纸上看到孙中山在英国被捕，曾问梁启超“孙逸仙何如人？”梁说：“此人蓄志倾覆满洲政府。”章太炎即“心甚壮之”[30]，“窃幸吾道不孤”[31]。政变后，清政府通缉康、梁，章太炎以孙中山伦敦蒙难为喻，说：“往者龚照瑗之于孙文，尝有是举矣，而卒为英人所迫胁，索之生还。夫孙文以医药小技，鼓动黔、粤之民，一旦果能揭竿而起，其有益于中国与否尚未可知，而英人已护之如是。今有为柄用，百日之政，粲然见于记载，中外贤哲，莫不喁喁想望风采，其与夫孙文者，岂舆薪秋毫之比哉。”[32]把康、梁视为“国士”，而对孙中山发动的起义活动，还存怀疑。他在写给汪康年的信中更说：“东人言及公名，肃然起敬，而谬者或以逸仙并称，则妄矣。”[33]还以孙中山与汪康年并称为“谬”。只是等到由台赴日，与孙中山相晤，“聆其议论，谓不瓜分不足以恢复，斯言即浴血之意”，才认为是“卓识”。“相与谈排满方略，极为相得”[34]。可见，旅台期间章太炎的思想尚未由“革政”转向革命。