在纬书中，孔子被抬到他在中国历史上顶峰的地位。例如，春秋纬中《汉含孳》篇写道：“孔子曰：丘览史记，援引古图，推集天变，为汉帝制法。”另一篇春秋纬，名为《演孔图》，其中称孔子是黑帝大神的儿子，曾经行了许多神迹。在纬书中，孔子被推上了神的地位，认为他可以预知未来。如果这些看法果真得以流行的话，孔子将在中国享有如同耶稣在西方的地位，儒学将成为名副其实的一种宗教了。
但是此后不久，儒家中更现实和讲理性思维的一派起而反对对孔子和儒学的荒诞不经之说。他们认为，孔子既不是神，也不是君王，而纯然是一位圣人。他既未曾预见汉朝的出现，也没有为任何朝代制定法制，他只是继承了古代文化的伟大遗产，赋予它新的精神，使它得以流传后代。
汉代经学中古文学派和今文学派之争
这部分儒学家组成所谓“古文学派”，因为他们声称，找到了“秦燹”（燹，音显，指兵火）之前的古籍，是以古文写成，这种文字到西汉末年，已成绝响。与“古文学派”相对立的董仲舒追随者，则尊崇以汉代通行文字写成的经书，被称为“今文学派”。