在此后的数天内，各种形式的抗议活动不断，许多政界要人也参加进来，一些人还采取了绝食行为。但到最后，抗议行为还是在连战、宋楚瑜的劝说下，和警察的驱逐下，无奈地离开了广场。
司法程序是漫长的，经过半年多的审理，“高等法院”于11月4日宣判连、宋败诉。判决指出，全面验票后，陈吕与连宋票数赢输差距，虽有变化，但陈吕仍赢2万5563票，不影响当选之结果。此后，国、亲两党再次上诉，结果再次被驳回。
就这样，2004年的这次大选就这样过去了。
关于那次神秘的枪击案，一直扑朔迷离，先是认定为枪击之后跳河自杀的陈义雄，后来又认为陈义雄只是替死鬼。直到2013年10月9日，才被认定是枪弹制造者唐守义。但依然疑窦重重。
毫无疑问，三·一九枪击事件给2004年的这次大选带来了一缕神秘色彩，而这次大选中的“公投绑大选”、“妨害投票秘密”和“选务工作违法”等话题的争议不休，则更加让这次大选显得扑朔迷离。