当下太后日以眼泪洗面，听说联军占了北京，分兵近畿各属，剿捕拳民。南至正定，北至张家口，东至山海关，都在联军权力范围以内。又与锡良、升允等军，时起冲突。刘光才驻扎在井陉，联军拟由获鹿进攻。太后闻知，忙叫刘光才一军，退扎山西境内。又命销毁各部署案卷，裁汰书吏。叫各省清厘例行文籍，仿照部章，删繁就简；各衙门书吏差役，分别裁汰裁革，不准假以事权。又命整顿翰林院，课编检以上各官以政治之学。特授醇亲王载沣为头等专使大臣，赴德国谢罪。大学士那桐为专使大臣，赴日本谢罪。叫出使各国的大臣，访察游学生，咨送回华，听候考试录用。自明年为始，乡会试等，均试策论，不准用八股文程式，停止武生童考试及武科乡会试。饬各省筹建武备学堂，将各省原有各营严行裁汰，并精选若干营，分为常备续备巡警等军。各省所有书院，省城改为大学堂；各府及直隶州，改为中学堂；州县改为小学堂，并多设蒙养学堂；改总理各国事务衙门为外务部，派奕劻为总理，王文韶为会办大臣，瞿鸿玑为尚书，徐寿朋、联芳为左右侍郎。每改一令，举一政，蒋敬亭倒总先期知道。虽说口齿谨慎，究竟年轻性燥，朋侪谈话，时时泄漏出一二语来。