根据中美双方达成的协议,回到北平的裴文中进入协和医学院负责管理新生代研究室,并代管地质调查所在北平的财产,“不到万不得已时,不准离开北平”。对这段特殊时期的特殊经历,裴文中后来在一篇回忆文章中这样写道:
我虽然不得已留在北平,但是与协和方面订了口头约定,大意是我只负责研究任务,不管财政,不对日本人出头交涉。当时日伪北平政权的有关人员,曾屡次要接收地质调查所的财产,但由于美国方面声言有“投资”关系,都没有接收得了。我虽然声言不负交涉责任,但是实际都要有我决定对策,故而,日伪方面对我是恨之入骨的。
由于新生代研究室名义上是协和医学院的一个附属组织,其工作人员均由协和医学院发给证书,尽管日本人已经占领了北平,却并没有占领也不敢占领属于美国管辖的协和医学院。裴文中临时接管新生代研究室后,遂以协和医学院职员的身份上班,有关工作很快开展起来。后来,时局动荡,经济拮据,加上政府的溃败,新生代研究室工作人员连薪水都找不到地方领取,也就不可能再在紧张的战争氛围中搞研究了,大家的“研究课题”渐渐从科学中偏离开来,其兴奋点转向有关战争和战争发展趋势的各种猜测与议论之中。进入1941年,随着日美矛盾日趋尖锐,太平洋上空乌云越聚越厚,中国乃至整个世界仿佛都被架在了一个由日本制造的火药桶上。而北平的局势,更是一天比一天紧张,暂时得势的日本鬼子越发横行霸道,外国侨民惊恐万状,驻华美军魂不守舍。新生代研究室的每一个工作人员,每天在办公室谈论的话题,几乎全都是关于战争、战争、战争……