与人类学、考古学、民族史的研究相应，抗战时期，巴蜀史研究也蔚为风潮。顾颉刚、朱希祖、卫聚贤等对此提倡尤力。在川大史学系，徐中舒是较早对此问题加以注意的学者，1940、1941年，先后发表《古代四川之文化》和《蜀锦》两文。孙次舟的《读古蜀国为蚕国说献疑》、《从蜀地神话的蚕丛说到殉葬的蚕玉》和《关于金蚕解释的补正》等，也产生了较大影响。如前所述，四川学者本有关注乡邦文献之学的传统，且在二十年代已出现了由“乡邦文献”走向“地方史”的趋势，但与近代史学的区域研究仍有距离。四十年代以后的巴蜀史研究，则已基本完成了向近代史学的转化。事实上，当时川大史学系确已树立了明确的区域研究意识。我们从史地系的一份文件中即可看出这一见解：
选修课不宜规划过于方整固定。学分虽有定明，但课程则不必全国划一也。中国幅（员）广大，各地情形殊异，各校自具特色，如地方及专题研究，皆当因时、因地、因人而设置其最适宜之选修课（如川大因特殊环境与需要，即设有“西南民族及其文化”一学程，定为三、四年级选科），庶能发展特长，有益实用。[88]